まずは、大 阪〜三 宮 についてです。
この区間には、ＪＲ神戸線、阪急神戸線、阪神本線が競合しています。
まず、一つ一つの路線の特徴を、見て行きましょう。
(20/4/15 色々修正)
Ａ・ＪＲ神戸線（大阪〜三ノ宮）
まずはＪＲ神戸線です。
複々線区間になっていて、新快速・快速・普通が走っています。
運賃は４１０円。途中の駅数は１３駅。所要時間は新快速で約２２分です。
日中は新快速・快速が１５分毎。普通が１５分に２本走っています。
（一部普通は尼崎で乗換え）
また新快速の途中の停車駅は、尼崎・芦屋です。
Ｂ・阪急神戸線（大阪梅田〜神戸三宮）
次に阪急神戸線。複線です。
日中は特急・普通が、朝夕ラッシュ時には（通勤）急行や通勤特急なども走ります。
運賃は３２０円。途中の駅数は１４駅。所要時間は特急で約３０分です。
日中は特急・普通ともに１０分毎に走っています。
なお特急の停車駅は、十三・西宮北口・岡本です。
Ｃ・阪神本線（大阪梅田〜神戸三宮）
最後に阪神本線。複線です。
日中は（直通）特急・普通があります。（尼崎まで急行、尼崎から快速急行という手段も。）
09年3/20のダイヤ改正により大きくかわりました。
運賃は阪急と同じ３２０円ですが、途中の駅数は３０駅あります。所要時間は特急で約３０分です。
日中は特急（直通特急も含む）・普通ともに１０分毎に走っています。
なお特急の停車駅は、尼崎・甲子園・西宮・芦屋・魚崎・御影です。
（甲子園は平日ラッシュ時の梅田方面のみ通過。）
☆ では、私的な解説です。 ☆
この区間は「安さの私鉄」「速さのＪＲ」となっています。
快適さでいうと、人によって感じ方が違うかもしれません。
ＪＲの新快速・快速は転換できるクロスシートなので快適。
阪急は大部分がロングシート。阪神は（直通）特急の半数の中間車両が転換クロスシートです。
着席率は阪急・阪神はほぼ確実。ＪＲは大阪駅が途中駅なので、微妙。
結論としては、やはり皆さんの好みの問題ではないでしょうか？
私は「スピードのＪＲ」「なんとなく高級感・阪急」「地元密着の阪神」と考えています。
ちなみに私個人としては阪神電車の利用が多いです。